Leinsamen liefern Ballaststoffe, Omega-3-Fettsäuren, B-Vitamine und Mineralstoffe. Weniger bekannt ist, dass sie von Natur aus sogenannte cyanogene Glykoside enthalten. Werden Leinsamen gekaut, geschrotet oder gemahlen, kann daraus Blausäure (Cyanwasserstoff) freigesetzt werden. In größeren Mengen aufgenommen, kann Blausäure Schwindel, Kopfschmerzen und Übelkeit verursachen. 

Schwere Vergiftungen sind zwar selten, in sehr hohen Mengen aber möglich. Beim Backen oder Kochen wird das Risiko deutlich reduziert, da Blausäure leicht verdampft und die für ihre Freisetzung verantwortlichen Enzyme durch Hitze inaktiviert werden. 

Nach Einschätzung des Bundesinstituts für Risikobewertung (BfR) sind bei der Aufnahme von bis zu 15 bis 20 Gramm (etwa 2-3 gestrichene Esslöffel) geschroteten rohen Leinsamen pro Tag für Erwachsene keine gesundheitlichen Beeinträchtigungen zu erwarten. Größere Mengen sollten aber nicht verzehrt werden.

Besondere Vorsicht gilt für Kinder: Aufgrund ihres geringeren Körpergewichts und noch nicht vollständig entwickelter Entgiftungsmechanismen reagieren sie empfindlicher auf Blausäure. Kleinkinder sollten daher besser keine rohen, geschroteten Leinsamen essen. Für Kinder ab vier Jahren empfiehlt das BfR pro Tag nicht mehr als vier Gramm (etwa einen gestrichenen Teelöffel).

Neben Blausäure können Leinsamen auch relevante Mengen des Schwermetalls Cadmium enthalten. Auch deshalb empfiehlt das BfR, die tägliche Aufnahme für Erwachsene auf maximal 20 Gramm zu begrenzen.